Het jaar 765 wordt als het begin van de Wilrijkse dorpsgeschiedenis beschouwd. Dat jaartal is eerder een symbolisch begin, want ook voordien was de streek al bewoond. Het jaar 765 is wel het ‘geboortejaar’ van de parochie Wilrijk. In dat jaar bepaalde de Frankische koning Pepijn De Korte dat iedereen een tiende van de oogst aan de kerk moest afstaan. Om te weten aan welke kerk, bakende men de parochiegrenzen af. Daardoor ontstond een afgelijnd gebied rond een vaste bidplaats, in dit geval de Sint-Bavokerk. In de achtste eeuw stond er dus al een kerk op deze plek. Het was nog geen stenen gebouw maar een houten kerkje.
Wilrijk dankt haar patroonheilige aan de Sint-Baafskathedraal in Gent, onder wiens voogdij ze in 1003 kwam te staan. Sint-Bavo werd in de zevende eeuw als Allowin geboren in Haspengouw. Als zoon van gegoede ouders leidde hij een losbandig leven, tot hij na de dood van zijn vrouw tot inkeer kwam. Hij schonk zijn bezit aan de armen en wijdde zijn leven sindsdien aan God. De legende luidt dat hij na lang bidden een man terug tot leven wekte.
Wilrijk kwam in het verleden meermaals onder vuur te liggen door de nabijheid van Antwerpen en de conflicten die zich daar afspeelden. Aan het einde van de zestiende eeuw dreigde Filips II – op dat moment heerser over de Spaanse Nederlanden, waartoe ook Antwerpen behoorde – de macht over dit gebied te verliezen. Hij stelde daarom Alexander Farnese aan om de Nederlanden te heroveren. In de nacht van 2 op 3 maart 1579 was Wilrijk het strijdtoneel van twee rivaliserende legers. Het dorp lag al snel in puin. Ook de Sint-Bavokerk werd getroffen toen soldaten de kerk in brand staken. Tien jaar later werd Wilrijk het slachtoffer van vrijbuiters die het dorp plunderden en vervolgens in brand staken. Opnieuw kreeg de Sint-Bavokerk het zwaar te verduren. De toren en de kerk raakten zwaar beschadigd. Bij het ontstaan van België in 1830 kwam het in Wilrijk tot gevechten tussen Hollandse troepen en Belgische patriotten. Tijdens de Tweede Wereldoorlog leed Wilrijk voor de laatste keer schade door een oorlog. Bij de inslag van de V-bommen in 1944 en 1945 verloren 71 inwoners het leven.
In 1794 bezette het leger van de Franse Republiek de Zuidelijke Nederlanden, het gebied waartoe ook Wilrijk behoorde. Vanaf dat moment moesten de Wilrijkenaars aan de Franse wetgeving gehoorzamen. Dit had voor onder meer de Sint-Bavokerk ingrijpende gevolgen. Het Franse bestuur had zich tegen de macht van de kerk gekeerd en voerde strenge regels in voor het uitoefenen van de kerkdienst. Alle uiterlijke tekenen van de eredienst, zoals het toedienen van de hostie, werden verboden. Ook op kerkelijke gewaden, processies en het luiden van de kerkklokken lag een verbod.
De Wilrijkse geestelijkheid weigerde trouw te zweren aan de Franse wetten. Daarom verzegelde het Franse bestuur in 1797 de kerkdeuren en verwijderden ze de kerkklokken. Pastoor Schatten dook onder in een schuurtje van kasteel Steytelinck, maar bleef in het geheim in hoeven en kastelen de mis lezen. Om het doopsel toe te dienen, trok hij ’s avonds verkleed als boerenknecht door de straten van Wilrijk. In 1799 kwam Napoleon aan de macht. Hij voerde een milder beleid en in 1800 opende de Sint-Bavokerk opnieuw haar deuren.