Sint-Augustinus maakt deel uit van het fusieziekenhuis . De oorsprong van deze ziekenhuisgroep gaat terug tot het jaar 1000, toen een kinderloos echtpaar startte met de opvang van arme en hulpbehoevende bedevaarders in de Pelgrimstraat in Antwerpen. Dit initiatief groeide uit tot verschillende gasthuizen langs bedevaartwegen aan het begin van de dertiende eeuw. Rond die tijd ontstond eveneens de katholieke gemeenschap Gasthuiszusters, die volgens de leer van Augustinus leefde. Op dat moment telde de gemeenschap drie broeders en zeven zusters. Doorheen de eeuwen stichtten de Gasthuiszusters op verschillende plaatsen in en rond Antwerpen gasthuizen. De meest bekende zijn het Sint-Elisabethgasthuis, het Sint-Camillusziekenhuis en Sint-Augustinus. Dit laatste kwam er op initiatief van Moeder Liguori en opende in 1941 haar deuren in Wilrijk, met vier zusters in dienst.
De gasthuiszusters leven volgens de Regel van Augustinus , die als belangrijkste regel de liefde tot God en naasten voorschrijft. De gasthuiszusters zijn naast zuster dan ook verpleegster. Zoals een van hen het omschrijft: ‘Zuster worden is een roeping, maar Gasthuiszuster word je ook om voor de zieken te zorgen.’ Dat blijkt ook uit het dagboek van zuster Carola Van Herck uit 1947. Hierin omschrijft ze hoe iedere dag gevuld was met ziekenzorg. Van maandag tot zondag verschoonde ze de bedden, verplaatste en waste ze de patiënten en hield ze het ziekenhuis schoon. In 1966 trad de laatste zuster toe tot de congregatie van de Gasthuiszusters van Antwerpen. Rond dezelfde tijd vervoegden de eerste leken het bestuur van de zorginstellingen. In 2008 droegen de Gasthuiszusters van Antwerpen het bestuur en een deel van de gebouwen over aan de vzw GZA.
In 1794 bezette het Franse leger de Zuidelijke Nederlanden, een gebied waartoe ook Antwerpen behoorde. De Franse Republiek keerde zich tegen de macht en invloed van de kerk en hief daarom in 1796 de kloosterordes op. Ook de Gasthuiszusters moesten hun habijt afleggen. Hun bezit werd aangeslagen en in 1803 verlieten ze op bevel van het Franse bestuur het Sint-Elisabethgasthuis in Antwerpen. Tot 1824 zouden de zusters de zieken thuis verplegen.
De bouw van Sint-Augustinus vond plaats tijdens de Tweede Wereldoorlog. Toen in 1941 de eerste kamers klaar waren, werden ze onmiddellijk bevolkt zodat de Duitse bezetter ze niet kon inpalmen. Na het Amerikaans bombardement op Mortsel van 5 april 1943, werden de vele gewonden in Sint-Augustinus verzorgd.
Toen in 1966 in de Antwerpse Zoo voor het eerst een mensaap werd geboren, stonden de zusters van Sint-Augustinus de directie met goede raad bij. Ze adviseerden de dierenverzorgers over een passende voeding en bezorgden hen moedermelk. Als dank mochten de zusters gratis naar de Zoo.
In Sint-Augustinus wordt om de drie uren een kindje geboren. Sinds haar ontstaan in 1941 groeide de kraamafdeling uit tot de grootste van Vlaanderen.